本市鳳山區於102年1月人口已突破35萬人，人口成長之速居全市之冠，居民對健康照顧服務需求甚切，為實踐市長「高高平」之施政理念，高雄市政府衛生局積極籌劃各項事宜，於102年2月22日由市長陳菊親自主持之「新設鳳山區第二衛生所評估規劃」會議定案成立，同年5月15日「高雄市政府所屬各級機關（構）學校組織員額評審小組102年第3次會議」通過員額申請，是年10月8日修正「高雄市各區衛生所組織規程」提報高雄市議會備查，102年12月9日奉考試院核定於103年元月1日成立本所。
高雄市鳳山區第二衛生所轄管範圍以鳳山的「國泰路」做為分界，以北為鳳山區衛生所，以南為鳳山區第二衛生所。高雄市鳳山區第二衛生所總共轄管35里，里民人口數約17萬人。由於鳳山區地形屬於狹長地型，以國泰路以南的五甲地區民眾，在辦理申請案件及接受健康保健服務活動需奔波至鳳山區衛生所，成立鳳山區第二衛生所將可提供更近便性及周全性服務。